支持“台独”的政党团体——民主进步党

“执政党”时期

2000年－2003年

由于台当局与民进党中央双方经常立场不同调，而谢长廷的主席及高雄市长任期将于2002年届满，由于民调结果对谢长廷兼任党主席并不赞同，谢长廷必须在两个职位中做选择。此时，民进党党内有人提出“党政同步”，由台湾地区领导人兼任党主席。当时前主席姚嘉文表态参选民进党主席。在谢长廷也支持的情况下，陈水扁于2002年7月21日接任民进党党主席，引来一阵批评声浪，被认为是违背了建党之初反国民党时提出的理念：党、政、军的分离，并批评成为陈水扁的“一言堂”，加上陈水扁参选时，曾宣示会退出民进党的党内运作。对于外界诸多的质疑，民进党解释这是“党政同步”并非“党国不分”。

在“执政”时期，由台湾地区领导人兼任党主席，在野时期，由党员直选党主席。而核四风波则是结束民进党与在野党“蜜月期”并开启民进党“执政”期间朝野恶斗的重大事件。由于民进党“执政”前始终主张“非核家园”的理念，执政后面对过去长期支持民进党的反核团体与前主席林义雄、施明德等人要求兑现政治承诺的重大压力。

2004年：台湾地区领导人选举、319枪击事件、百万人民倒扁运动

民主进步党旧式党徽2004年“大选”期间，泛蓝的国民党主席连战、亲民党主席宋楚瑜整合成功，形成2000年无法出现的“连宋配”，而民进党依旧以“水莲配”寻求连任。

此次选战空前激烈，泛绿与泛蓝支持者立场鲜明，泛绿政营在2004年2月28日发动228牵手护台湾，民调支持度来到最高点，但在最后投票之前一周，由通缉潜逃海外的前东帝士集团董事长陈由豪爆出政治献金与“大老说”，牵扯出“立委”沈富雄。在投票最后倒数的48小时中，沈富雄召开记者会以“三个可能”和“四个可能”试图化解危机。在2006年5月29日，沈富雄终于公开承认陈由豪确实曾去见过陈水扁之妻吴淑珍。

在距投票时间不到20小时的2004年3月19日下午，戏剧性地发生了319枪击案，国民党当晚质疑枪击案为假，造成社会普遍不满。2004年3月20日开票后，由民进党的“水莲配”以近三万票的0.228%的些微差距连任成功。由于枪击事件的争议，激发上街抗议并持续上月。

2004年底的“立法委员”选举中，陈水扁挟著2004年“大选”期间过半的选票实力及对泛蓝抗争的不满民意，欲一举夺得“国会”过半数，让民进党与台联在不少选区高额提名。陈水扁在选战过程中并一连抛出制定“台湾新宪法”、“军购案”、“公营事业、外馆正名”等议题。最后虽然在“立法院”席次由87席变为89席，增加两席，却使台联席次减少一席而未达成目标，陈水扁承认败选而请辞民进党主席职务，其职务由“立法院”总召柯建铭暂时代理，1月27日再由原台当局秘书长苏贞昌正式接任。

2005年：高雄捷运外劳弊案

2005年民进党发动的大规模游行示威，326护台湾大游行超过100万人参加。“立委”败选后，台当局与民进党中央开始考虑政治和解的可能性，2005年2月高雄市长谢长廷，升任“行政院院长”，并提出“和解共生”的诉求。2005年2月24日，“扁宋会”于台北宾馆登场，陈水扁与亲民党主席宋楚瑜经过近两小时会谈后，就“两岸和平、防务安全、族群和谐”确立10点共识并发表联合声明，强调将以“台湾为最大公约数”。

2005年5月14日，首次举行也是末代的“任务型国代选举”，投票率低落，但民进党得票率创新高，成为短暂过半的“任务型国大”第一大党，并与中国国民党在阳明山中山楼联手主导“宪法”条文修正。

2005年7月，爆发高雄捷运泰劳暴动事件，导致“劳委会主委”陈菊、高雄市代理市长陈其迈自请下台，之后陆续意外牵扯出高雄捷运外劳弊案，涉及台当局副秘书长陈哲男涉嫌官商勾结弊端。在陈哲男的官商关系进一步被揭发后，民进党要求开除陈哲男的声浪愈来愈大，尽管陈哲男宣布退党，但民进党仍然开除他的党籍。年底的三合一选举，民进党在全台“执政”版图萎缩至南部六县市，长年“执政”的台北县、宜兰县也失守，国民党为首的泛蓝阵营在17个县市获胜，苏贞昌辞去民进党党主席。

2005年12月7日，民进党中常会未遵循由“立法院”总召暂代的传统，而推举决定由台湾地区副领导人吕秀莲代理党主席，但吕秀莲以“任代主席只是在替台湾地区领导人看守党中央”来揶揄陈水扁，引起陈水扁不满，指吕秀莲“吃人够够”（台湾俚语；即得寸进尺），2005年12月12日，她宣布请辞民进党代理主席，但12月14日又接受党的挽留，答应留任至2006年1月的党主席选举。

2006年：台湾地区领导人罢免案和百万人民倒扁运动

2006年1月15日，游锡堃当选党主席并于1月26日就职，1月24日前主席林义雄退出民进党。由于高雄市接连发生弊案及选举失败阴霾下，诉求“和解共生”的谢长廷以“坚持理念，分担责任”请辞“行政院长”，1月25日由苏贞昌接任“行政院长”。

2006年年中后，陈水扁周遭人士陆续传出多起弊案，主要有女婿赵建铭涉及台开案、夫人吴淑珍被控收受Sogo百货公司礼券并介入该公司经营权之争、炒作股票、国务机要费案等，让陈水扁的声望不断下跌。

2006年5月31日，陈水扁宣示“三个决定”（自清、革新、权力下放）与“一个决心”（说到做到、坚持到底），交出党政权力，尊重“行政院”职权。但在当时，司法机构尚未确认陈水扁直接牵涉任何一件弊案，因此陈水扁在阿扁电子报上表示尊重“司法”、支持“司法”、相信“司法”。

2006年6月，“立委”丁守中与亲民党“立委”吕学樟等人，以“财政崩盘”、“毁宪乱法”为由，分别提出“对陈水扁提出罢免案”，并获得中国国民党与亲民党全部党籍“立法委员”连署，超过提案门槛，交付“立法院”表决。于6月27日表决时，民进党动员党籍“立委”不进场投票，台联则动员集体投废票，因此虽然中国国民党、亲民党及无党籍“立委”皆投赞成票，但仍未超过三分之二“立法委员”同意之“法”定门槛，该罢免案不成立，因此依“法”无法再举行罢免台湾地区领导人之公民投票。

民进党前主席施明德在8月7日，写了一封《给陈水扁的信函》，并于8月10日起发动“百万人民倒扁运动”、要求陈水扁能主动辞职下台。在“百万人民倒扁运动”愈来愈激烈的时候，民进党主席游锡堃大力支持陈水扁，推动公投“讨国民党不当党产”以期达到围魏救赵的效果。在此时，民进党的形象逐渐转向深绿，游锡堃亦成为深绿的代表。

此时，关于2007年12月(后来延后至2008年1月)的下届“国会”选举，民进党党内初选方法的争论浮上台面。以蔡同荣为首的中常委以2004年沈富雄的落选显示，泛绿形象再好、也只能获得少数泛蓝票，于是他们提出排蓝民调的方案，获得民进党多数成员认同及支持。但是对于要排除多少泛蓝民意有所争执；部分深绿人士支持高度排蓝、陈水扁及新潮流则倾向低度排蓝。经过党内的争论以后，决定在台湾地区领导人选举采用低度排蓝(有利形象中性的谢长廷及苏贞昌)，在“立委”选举中采用高度排蓝。