成立于1990年2月。系“新国家连线”的智囊团。原由林浊水任研究室主任，后由张维嘉接替。头面人物有叶菊兰、李庆雄、洪奇昌、卢修一、戴振耀等。主要政治纲领：一是使“台独”内涵转化成“国家”法案内涵。该研究室成立后的第一个会期发行的“新国会通讯”称：“过去台湾独立是言论禁忌，现在禁忌已经突破，进而登上国会殿堂，台独运动从喊口号阶段进入实质、具体内容的阶段，而国会正是进行此工作的重要场所”；二是希望在环保、农民、劳工、各社会弱势团体的“立委”之间，建立双向互动的“联合”关系，把各团体的意见汇集成“立委”问政的依据，来影响当局“立法”及施政；三是采用“生产民主制”的组织原则，助理人员和“立委”一样，共同参与决策。
“新国会联合研究室”专门从事为“台独”主张者提供公共政策。自成立以来，先后推出“公民投票法”、“中国大陆关系法”、以及“公平交易法”等公共政策法案。后又推出所谓“台湾独立与民主之关系”、“台湾独立与公共政策关系”等一系列研究报告。
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