系“新潮流系”的人员组成，以党外“编联会”为前身。邱义仁等辞去党工身分后，为“继续扎根工作”而成立的。核心人物有邱义仁、吴乃仁、林浊水等，主要成员都是激进的“独派”分子。
该办公室成立以来，主要致力于联络、扩大“新潮流系”人马，进行一些具有“草根性质的组织工作”和“推展台独运动”。比较有影响的活动是在1989年三项公职选举中，积极筹组“新国家连线”，并为“台独”分子助选。该组织拥有相当 的政治资源，从高层的“国大代表”、“立法委员”、“省市议员”到县市基层政权机构，都插进了不少成员，使之从上到下形成一个“势力团体网络”。当前“新潮流办公室”还在积极进行“组织联系”。一方面在各地设立“公各服务处”，保持对“新潮流系”内当选的公职人员进行联络，训练干部，并将台湾省分为北、中、南三区，组织派遣专人督导“公职服务处”与社会运动干部的工作成效；另一方面，通过各地的“公职服务处”和社会运动团体据点，加强同其他派系组织的横向联系，积极推动各“台独”组织这间的结盟工作。
“新潮流办公室”是目前岛内很有影响、有很强社会发动力的“台独”组织，被台湾报纸称为“台独”运动的“龙头大哥”。
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